目前还没有提前20天申请离职公司扣除20%的工资是否合法？

若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。
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法律分析：如果是所谓的扣除员工工资的百分之二十集中发放,就是违法的。但如果在劳动者因本人原因造成用人单位经济损失的，用人单位可以扣发劳动者工资，但不得超过当月工资的20%。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。